O Conselho de Deontologia foi criado, por via estatutária, aquando da constituição da APA, tendo iniciado a sua atividade, sob a presidência do bastonário António Pires de Lima, em 10 de dezembro de 2006. A missão do Conselho de Deontologia consiste em elaborar, discutir e divulgar as melhores práticas e regras de conduta aplicáveis aos árbitros, mandatários e outros intervenientes no processo arbitral.
O Conselho promoveu a preparação do Código Deontológico do Árbitro que viria a ser aprovado pela Assembleia Geral da APA em 12 de maio de 2010. Na sequência da entrada em vigor da nova Lei de Arbitragem Voluntária, o Conselho elaborou uma nova versão do sobredito Código, a qual foi aprovada em Assembleia Geral de 11 de abril de 2014. Mais recentemente, em 2020, o Conselho promoveu a aprovação de um novo Código Deontológico, o qual estende aos representantes das partes em processos arbitrais os princípios reitores da ética arbitral, bem como um novo Código de Boas Práticas para Peritos em Arbitragem.