Os órgãos da APA são a Assembleia Geral, o Conselho Geral, a Direção e o Secretário Executivo, e o Conselho Fiscal. O mandato dos membros da mesa da Assembleia Geral e dos restantes órgãos da associação tem a duração de dois anos, sendo os mesmos reelegíveis, uma ou mais vezes.
Formada por todos os associados, compete à Assembleia Geral deliberar, por maioria absoluta dos associados presentes, sobre todas as matérias compreendidas no objeto da APA.
A administração e a representação da APA competem à Direção, composta por três, cinco ou sete membros, eleitos pela Assembleia Geral. O Presidente tem voto de qualidade. Compete à Direção da APA criar conselhos ou comissões especializadas com vista a dinamizar a participação dos associados na prossecução dos fins estatutários. A um Secretário Executivo, eleito pela Assembleia Geral, compete secretariar as reuniões da Direção e promover a execução das respetivas deliberações, podendo a Direção delegar no mesmo competências suas.
Composto por três membros, eleitos pela Assembleia Geral, o Conselho Fiscal fiscaliza a atividade da Direção, elabora anualmente relatório sobre a sua atividade e dá parecer sobre o projeto de orçamento e o relatório e balanço apresentados pela Direção.